Il giocatore indossa i panni di un marine spaziale, deportato su Marte per aver assalito un superiore che gli aveva ordinato di sparare su civili disarmati. Nei romanzi dedicati a Doom si fa riferimento a “Flynn Taggart”, ma più in generale viene indicato con il termine Doomguy (letteralmente “tizio di Doom”). Costretto a lavorare per la Union Aerospace Corporation, il protagonista viene inviato ad indagare su un terribile incidente avvenuto in esperimenti militari sul teletrasporto tra le due lune Phobos e Deimos: orde di mostri hanno cominciato ad uscire dai portali di teletrasporto, e il satellite Deimos è sparito. Il personale residente su Phobos, inoltre, è stato trucidato o trasformato in zombie. Una volta arrivato alla base su Phobos il giocatore è lasciato all’esterno per mantenere le comunicazioni con Marte, mentre il resto della squadra entra nell’edificio. Presto però il contatto radio con gli altri membri del team cessa e il nostro eroe si trova davanti a un mucchio di cadaveri di marine.
